Una conspiración política hace que un hombre inocente sea enviado a prisión y condenado a muerte. Su única esperanza es su hermano, que crea un complejo y detallado plan en el que logra enviado a la misma prisión para ejecutar una fuga desde adentro.
Han pasado siete años desde que Michael Scofield fue dado por muerto, pero cuando varias pistas sugieren que puede que siga vivo, Lincoln Burrows se reúne con Sara Tancredi para dar con la verdad. Todos lleva a Lincoln hasta Yemen, mientras Sucre, T-Bag y C-Note son llamados de nuevo a la acción para para diseñar la mayor fuga de la serie en Ogygia.