La historia toma lugar entre el 16 y el 24 de diciembre, un mes después del festival cultural. Acercándose las vacaciones de invierno, la Brigada SOS, liderada por Haruhi Suzumiya, planea hacer una fiesta de nabe para Navidad. Sin embargo, el 18 de diciembre, Kyon llega al instituto para descubrir que todo ha cambiado. Haruhi y Itsuki Koizumi han desaparecido, Yuki Nagato es una estudiante normal con sentimientos, Ryoko Asakura, quién había sido eliminada por Yuki, también es una estudiante normal y Mikuru Asahina no le reconoce. La única pista que tiene es un marcapáginas que le dejó Yuki, que lleva a Kyon en un viaje a través del tiempo relacionado con la historia del episodio «Rapsodia de una Hoja de Bambú», intentando resolver el misterio y restaurar su línea temporal.
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