La historia ocurre en el año 2034, dos años después de los acontecimientos en Ghost in the Shell: Stand Alone Complex 2nd GIG. El comandante cyborg de sexo femenino Motoko Kusanagi ha dejado el Artículo 9 del Título público, un contraterrorista de la elite y unidad de antidelito que se especializa en la ciberguerra, que se ha ampliado a un equipo de 20 obreros de campaña con Togusa que sirve de la ventaja de campaña.
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