Yatterman cuenta la historia del trío de villanos conocido como La Banda Dorombo, quienes persiguen la leyenda de una misteriosa gema llamada Piedra cráneo que es capaz de revelar el más grande yacimiento de oro en el mundo.
La película comienza con la fuga de un extraño y poderoso extraterrestre llamado Boris el animal. Es el último superviviente de la raza alienígena boglodita, que sobrevive mediante el ataque, toma, y ocupación de otros planetas habitados. Boris es un asesino, que fue capturado por el agente K y encarcelado en una prisión secreta en la Luna. K también pudo desplegar un sistema de defensa (denominado "Arc Net"), y evitar una invasión boglodita, logrando así su extinción. Sin embargo, Boris logra burlar la seguridad y destruir gran parte de la cárcel, para escapar y vengarse de K.
Cuando un centro mágico transporta por accidente a Abril al Japón del siglo XVII, los chicos se lanzan en su busca y aparecen, a través de la alcantarilla, ¡en la tierra de los samuráis! Ahora deben enfrentarse a Nortaga, el malvado Señor de la guerra, y recuperar el cetro que los transportará de vuelta a lo más profundo del metro de Nueva York.
Jiro es un universitario cuya vida es tan triste que no tiene amigos, novia o familiares con los que celebrar su cumpleaños. Un año, mientras se compra un regalo, conoce a una chica guapísima con la que pasa la tarde. Al llegar la noche, la chica dice que tiene que irse, no sin antes confesarle a Jiro que es un robot y que viene desde el futuro. El tiempo pasa y Jiro no la vuelve a ver... hasta su siguiente cumpleaños. Esa vez la chica parece haber venido para quedarse.
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