Koichi y Atsumi se aman y se conocen desde niños. Atsumi está en coma tras una tentativa de suicidio. Con la intención de sacarla de esa situación, Koichi consigue conectar con el subconsciente de Atsumi a través del “sensing”, una nueva y extraña tecnología.
El capitán Colter Stevens se despierta de un sobresalto en el interior de un tren de cercanías de Chicago. Aunque todos los demás pasajeros parecen conocerlo él no tiene absolutamente ninguna idea de dónde está o, incluso, de quién es. Lo último que recuerda es estar volando en helicóptero durante una misión en Irak, pero aquí parece ser alguien que va a trabajar por la mañana como un día cualquiera. Pero antes de que pueda hacer cualquier cosa un tren se acerca por la vía contraria y explota una bomba que aparentemente mata a Colter y a todos los demás pasajeros.
Hannon Fuller, un magnate de los negocios y empresario emprendedor, muere en extrañas circunstancias. Su amigo y mano derecha, Douglas Hall, se ve lanzado a un mundo de crímenes y decepciones, llegando a descubrir que Fuller llevaba una peligrosa doble vida que se movía entre dos mundos paralelos: uno en 1937 y otro en el presente.
Catherine Deane es una psicoterapeuta que aplica un revolucionario tratamiento que le permite literalmente introducir su mente en la de sus pacientes. Sus experiencias con este método experimentan un peligroso giro cuando un agente del FBI le pide que se introduzca en la mente de un asesino en serie, que, tras haber secuestrado a una mujer, se encuentra en estado de coma. Si no consiguen averiguar dónde está la mujer, su vida corre un gran peligro.
Johnny Smith es un maestro de escuela con toda su vida por delante pero, después de dejar la casa de su prometida una noche, está involucrado en un accidente automovilístico que lo deja en coma durante 5 años. Cuando se despierta, descubre que tiene la capacidad de ver el pasado, presente y futuro de cualquier persona con la que entra en contacto físico.
Dos jóvenes médicos internos, Susan Wheeler y Mark Bellows, hacen su período de prácticas en el Boston Memorial Hospital. Casualmente, una joven amiga suya sufre una inesperada reacción a la anestesía que le provoca un coma. Esta situación da pie a que Susan descubra una macabra organización que funciona amparada por la eficaz asistencia hospitalaria del centro.
Cuando una corporación pionera de un nuevo programa para extender la vida a través de la robótica se acerca al marido de una mujer moribunda, se ve atrapada en un debate público sobre la relación de los humanos con la tecnología.
Neo y sus aliados corren contra el tiempo antes de que las máquinas descubran la ciudad de Zion y la destruyan. Mientras busca la verdad sobre la Matrix, Neo debe salvar a Trinity de un oscuro destino.
David Aames lo tiene todo: Riqueza, buena apariencia y mujeres hermosas. Pero justo cuando comienza a enamorarse de la cálida Sofía, queda desfigurado en un accidente automovilístico. Ese es solo el comienzo de sus problemas, ya que las líneas entre la ilusión y la realidad, entre la vida y la muerte, se desdibujan.
La ciudad humana de Zion se defiende de la invasión masiva de las máquinas mientras Neo lucha por terminar la guerra en otro frente y también se opone al agente Smith.
Julian Michaels ha diseñado el complejo turístico definitivo, Vice, donde todo vale y los clientes pueden hacer realidad sus fantasías más salvajes con los habitantes artificiales que miran, piensan y sienten como los humanos. Cuando una artificial se convierte en auto-consciente y se escapa, se encuentra atrapada en el fuego cruzado entre los mercenarios de Julian y un policía que está empeñado en cerrar Vice, y detener la violencia de una vez por todas.
Oohen Leth es un excéntrico genio de los ordenadores que vive en un mundo corporativo controlado por una oscura figura llamada "Dirección". Recluido en el interior de una capilla en ruinas, Oohen trabaja en la solución a un extraño teorema, un proyecto que podría descubrir la verdad sobre su alma y el significado de la existencia (o la falta del mismo) de una vez por todas.