Una conspiración política hace que un hombre inocente sea enviado a prisión y condenado a muerte. Su única esperanza es su hermano, que crea un complejo y detallado plan en el que logra enviado a la misma prisión para ejecutar una fuga desde adentro.
Han pasado siete años desde que Michael Scofield fue dado por muerto, pero cuando varias pistas sugieren que puede que siga vivo, Lincoln Burrows se reúne con Sara Tancredi para dar con la verdad. Todos lleva a Lincoln hasta Yemen, mientras Sucre, T-Bag y C-Note son llamados de nuevo a la acción para para diseñar la mayor fuga de la serie en Ogygia.
Mientras Lincoln y C-Note buscan al "Jeque de Luz", Michael y su compañero de celda, Whip, intentan escapar de Ogigia. Por otro lado, la investigación de Sara sobre la reaparición de Michael la conduce al departamento de estado y a una incómoda reunión con Paul Kellerman.
T-Bag advierte a Sara de que dos secuaces de Poseidón, Van Gogh y A&W, pueden estar siguiéndola. Mientras tanto, Lincoln intenta recuperar su pasaporte confiscado para escapar de Yemen, y Michael planea su próximo movimiento.
Michael, Whip y Ja hacen su último intento de escapar de Ogygia, pero deben hacer un trato con el diablo para conseguirlo. Lincoln corre a contrarreloj para ayudar con el escape, mientras T-Bag se reúne con Kellerman para conseguir más información sobre la resurrección de Michael.
Lincoln se frustra a medida que trata de entender lo que le pasó realmente a Michael. C-Note tiene un nuevo plan de escape, pero teme que no se ejecute lo suficientemente rápido, mientras Cíclope está al acecho. Por su parte, Sara se enfrente a la idea de que Michael puede estar vivo.
Michael, Lincoln y el resto de la banda de Ogygia tratan de escapar de Yemen, huyendo a través del desierto y perseguidos por una banda de milicianos. Mientras tanto, A&W y Van Gogh cuestionan su rol cuando la búsqueda de los fugitivos les lleva hasta Graceland.
Sara teme por la seguridad de su familia cuando descubre la verdadera razón por la cual Michael fingió su propia muerte. Mientras, Michael y Lincoln continúan tratando de encontrar un camino de vuelta a casa con la ayuda de Sucre. La verdadera identidad de Poseidón es descubierta.
Cuando Sara y su hijo están en peligro, Michael y Lincoln reclutan a Sheba y C-Note para tratar de atrapar a Poseidón. Mientras, Whip lleva a cabo una misión por su cuenta y T-Bag revela un secreto.
Michael y Lincoln continúan luchando por proteger a Sara y Mike de amenazas peligrosas. Mientras tanto, Poseidón sigue tratando de derrotar a Michael y al resto de la pandilla, lo que los lleva al último enfrentamiento, del que no todo el mundo conseguirá salir con vida.
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