Jake, un adolescente soñador, está a punto de compensar la pérdida de su abuelo. Siguiendo el consejo de su psicólogo, que le recetó aprender a separar la fantasía de la realidad, partió con su padre hacia una isla en gran parte de Gran Bretaña. En las ruinas del orfanato donde creció su padre, descubre un mundo paralelo que lo transporta a 1943. Allí conoce a Miss Peregrine y a los peculiares niños que poseen poderes mágicos para aquellos que son perseguidos. En su compañía, Jake aprende a defenderse y a aceptar su diferencia.