En el año 2029, el Artículo 9, un grupo de polis cibernéticamente realzados, se llama para investigar y parar a un hacker muy querido conocido como 'El Puppetmaster'. El fantasma en la Shell 2.0 es una versión reproducida de su equivalente de 1995 original. Entre unos numerosos realces, para el lanzamiento de la película 2.0, eran varias escenas se revisaron con animación 3D, mejoras visuales, y la banda sonora registrada de nuevo en 6.1 rodea el sonido.
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