As the Sun burns out, an American family gathers at the end of the world, their hopes for rescue slowly crumbling as they also confront long lasting divides amongst each other.
La ciudad humana de Zion se defiende de la invasión masiva de las máquinas mientras Neo lucha por terminar la guerra en otro frente y también se opone al agente Smith.
En un plazo de cinco años el Sol se apagará, y con él se extinguirá la raza humana. La última esperanza de los hombres es el Ícarus II, una nave espacial tripulada por seis hombres y dos mujeres, cuya misión consiste en llevar una gigantesca carga explosiva que insuflaría nueva vida a la estrella y le permitiría volver a brillar, salvándose así la población de la Tierra. El problema es que la nave Ícarus ya había llevado a cabo la misma misión siete años antes y había fracasado.
El científico Zac Hobson experimenta con una fuente de energía de extraordinario poder: un cinturón de fuerza que rodearía todo el planeta. Pero el experimento resulta mal, envía a la casi totalidad de la población a una dimensión desconocida, y el cinturón acaba sin dejar ni rastro de los seres vivos de todo el planeta. Aunque al principio Zac se desespera pensando que es el único hombre que queda vivo sobre la faz de la Tierra, pronto localiza algún superviviente más.