La historia de "Sekigahara" tiene lugar en 1600 durante la Batalla de Sekigahara. Mitsunari Ishida (Junichi Okada) y Tokugawa (Koji Yakusho) se enfrentan con el destino de la nación colgando de un fino hilo. Hatsume (Kasumi Arimura) es enviada como un espía para matar a Mitsunari Ishida, pero se enamora de él. Está basada en la novela "Sekigahara" de Ryotaro Shiba que se publicó desde Julio de 1964 a Agosto de 1966 en Shukan sankei.
Un samurái pide permiso para practicarse el Seppuku (o Harakiri), ceremonia durante la cual se quitará la vida abriéndose el estómago al tiempo que otro samurái lo decapitará. Solicita también poder contar la historia que le ha llevado a tomar tan trágica decisión.
El poderoso Daimyō Takeda Shingen ha alcanzado tanta fama como el lema escrito en sus estandartes de guerra: "Rápido como el viento, sereno como el bosque, fiero como el fuego, inmóvil como la montaña". Mientras yace agonizante por las heridas sufridas en el combate, Shingen ordena a sus guerreros que encuentren un doble o sosias que le sustituya, para mantener su inminente muerte en secreto e impedir que sus enemigos (Oda Nobunaga y Tokugawa Ieyasu) aprovechen la circunstancia para atacar. El kagemusha (la sombra del guerrero) elegido por el Clan Takeda es un pequeño delincuente (Tatsuya Nakadai) que debe hacerse pasar por un gran líder y erigirse en comandante de una gran alianza de 25.000 samuráis.
Al regresar al castillo de su señor, los guerreros samuráis Washizu y Miki son atacados por un espíritu que predice su futuro. Cuando la primera parte de la profecía del espíritu se hace realidad, la intrigante esposa de Washizu, Asaji, lo presiona para que acelere el resto de la profecía del espíritu asesinando a su señor y usurpando su lugar. La reposición del director Akira Kurosawa de "Macbeth" de William Shakespeare en el Japón feudal es una de sus películas más aclamadas.
Kenshin Himura (Takeru Satoh) es un legendario espadachín. Tras la Restauración Meiji, ha dejado de matar con la espada. Intenta llevar una vida tranquila con Kaoru Kamiya que dirige una escuela de espadachines en el pueblo. Todo cambia cuando el restaurante Akabeko, que es el lugar favorito de Kenshin para comer, es destruido y él encuentra una nota en la que pone "Junchu".
Kenshin Himura (Takeru Sato) es un famoso samurái conocido por su destreza con la katana y su frialdad a la hora de matar. En el pasado estuvo al servicio de los Ishin Shishi, un grupo de patriotas que luchaban para devolver el poder al Emperador, librando cientos de batallas y cobrándose muchas vidas. Pero tras terminar todos los enfrentamientos, jura no volver a matar y decide pasar al anonimato para dedicarse a viajar por el país como un vagabundo ayudando a quien lo necesite, como penitencia por todas las muertes que provocó. Diez años después, en 1878, Kenshin llega a Tokio donde conoce a Kaoru (Emi Takei), quien le invita a quedarse en su dojo hasta que decida volver a vagabundear. Sin embargo, el pasado que Kenshin intentó dejar atrás pronto volverá para cobrarse venganza contra él. Adaptación del manga de Nobuhiro Watsuki.
Kanichiro Yoshimura es un samurái padre de familia que no puede alimentar a su esposa e hijos. Con tristeza, decide marcharse a la gran ciudad, dejando atrás a sus seres queridos, para poder así sacarlos adelante. Allí se une a la célebre facción samurái de los Shinsengumi, con quienes comenzará una difícil pero enriquecedora vida en uno de los momentos más tumultuosos de la historia de Japón.
1870. El capitán Nathan Algren es un hombre a la deriva. Las batallas que libró en otro tiempo parecen ahora lejanas e inútiles. Una vez arriesgó su vida por el honor y por la patria, pero, en los años transcurridos desde la Guerra de Secesión estadounidense, el mundo ha cambiado. El pragmatismo ha reemplazado al valor, el interés personal ha ocupado el lugar del sacrificio y el honor no se encuentra en ninguna parte, especialmente en el Oeste, donde su papel en las campañas contra los indios acabó en desilusión y tristeza. En algún lugar de las implacables llanuras junto a la ribera del río Washita, Algren perdió su alma. En un mundo completamente distinto, otro soldado ve como su modo de vida está a punto de desintegrarse.
Deseando partir con dignidad, un Samurai pide permiso para realizar el ritual de suicidio en la residencia del clan Li. Para desalentarlo, el director del Clan decide contarle la historia de otro guerrero que pidió lo mismo.
En el siglo XVIII, los samuráis que llevaban a cabo actos de venganza eran compensados económicamente por los clanes a los que pertenecían. Un joven samurái que llega a Edo (actual Tokio) con el propósito de vengar a su difunto padre busca a su enemigo por toda la ciudad. El problema es que, además no saber manejar la espada, no tiene realmente ganas de ejecutar su misión. Alojado en una vivienda pobre, pero rica en relaciones humanas, aprende a apreciar de la vida y empieza a cuestionarse el sentido de la venganza.
Dos sacerdotes jesuitas, Sebastião Rodrigues y Francis Garrpe, viajan al Japón del siglo XVII que, bajo el shogunato Tokugawa, prohibió el catolicismo y casi todos los contactos extranjeros. Allí son testigos de la persecución de los cristianos japoneses a manos de su propio gobierno que desea purgar Japón de toda influencia occidental. Eventualmente los sacerdotes se separan y Rodrigues viaja por el campo, preguntándose por qué Dios permanece en silencio mientras Sus hijos sufren.