La serie narra las vivencias de los pasajeros supervivientes del vuelo 815 de Oceanic Airlines Sydney- Los Ángeles en una isla aparentemente desierta, en la cual ocurren cosas muy extrañas. Con frecuencia hace referencia de manera específica a las historias de los protagonistas antes del accidente, con lo que explica las decisiones que estos toman en la isla, el motivo por el cual tomaron ese avión; y, para mostrar que ellos, sin saberlo, estaban perdidos en sus vidas.
La serie de culto "Perdidos" empieza su sexta y última temporada con este episodio que empieza a aclarar las dudas de los espectadores y muestra las consecuencias de la detonación, por parte de Juliet, de la bomba de hidrógeno.
Parte del grupo de Jack parte hacia el templo, guiado por Jin. Una vez en las ruinas, los supervivientes del Oceanic son capturados por una banda que les lleva hacia el edificio principal, habitado por una variopinta comunidad.
Sawyer aprovecha una discusión entre la gente del templo y sus compañeros para hacerse con un arma y escapar. Pese a pedir que no le sigan, Kate, Jin y dos de los captores hacen caso omiso y salen en su búsqueda. Jack, Hugo y Miles se quedan al cuidado de Sayid.
El humo negro recorre la isla para reclutar a supervivientes que se unan a su causa. Mientras tanto, en la playa, después de enterrar el cuerpo de John Locke, Iliana convence a Sun y a Lapidus para ir al templo, el único lugar seguro de la isla.
Hurley debe convencer a Jack para que le acompañe en una misión que le ha encargado Jacob. Por otro lado, en la selva, Jin está herido y recibe la ayuda de Claire, quien actúa de un modo muy extraño.
Ben deberá afrontar las consecuencias de una mentira oculta durante demasiado tiempo. Y es que Ilana, gracias a los poderes de Miles, descubre quién fue el verdadero asesino de Jacob.
El humo negro, tras la apariencia de John Locke, vuelve del templo con todo su nuevo séquito. En el campamento le esperan Jin y Sawyer. El ex convicto se encara con la némesis de Jacob porque quiere respuestas. Entonces Locke confiará a Sawyer una misión decisiva...
Richard Alpert se enfrenta a un difícil dilema: decidir en qué lado luchará. Y es que el consejero de Jacob deberá escoger si continúa haciendo caso a Jacob o unirse a la tropa comandada por el humo negro.
Han pasado muchas cosas desde que Sun volvió a la isla, y aún así su destino y el de su marido caminan por sendas muy distintas. Ella se mantiene del lado de los fieles a Jacob. Él, herido, continúa en el bando del falso Locke, al que fue arrastrado por Claire.
Desmond, el hombre viajó en el espacio y el tiempo en busca de la mujer que amaba, ha sido devuelto a una isla que detesta, y que le aleja de nuevo de Penny. Por si fuera poco, Charles Widmore pretende utilizarle como conejillo de indias en un peligroso experimento.
Las vidas de Hugo en las dos realidades no pueden ser más distintas. En la isla es un joven atormentado por su mala suerte. En Los Ángeles, en cambio, es un afortunado hombre de negocios al que la vida le sonríe, y al que nunca le ha sucedido nada malo.
Jack, Hurley, Sun y Lapidus comienzan a relacionarse con el grupo liderado por el falso Locke. Su introducción pronto será interrumpida por los secuaces de Widmore, que amenazan con bombardear el campamento si no les devuelven a Desmond.
Jack desconfía de las intenciones del falso Locke cuando éste le encomienda una difícil tarea: convencer a sus amigos de que deben salir de la isla todos juntos.
Una joven embarazada logra arrastrarse del agua hasta la playa. Se trata de una de las pocas supervivientes de un naufragio. Allí, la mujer tiene dos hijos: uno, rubio, muy pacífico; el otro, moreno, que convertirá en su objetivo vital el abandonar la isla.
Los supervivientes de la explosión del submarino aún no se hacen a la idea de que Sayid, Lapidus, Sun y Jin hayan muerto. El grupo comandado por Jack debe sobreponerse al drama y seguir adelante. Su siguiente misión es liberar a Desmond.
El falso Locke prosigue la búsqueda de Desmond con la intención de utilizarle para destruir la isla y marcharse por fin. Jack también busca al australiano, pero en su caso, para utilizarlo como arma en el inminente enfrentamiento final contra el humo negro.